上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出具有广泛性的生态学活性酶，还有抗肺部肿瘤和抗虫毒用处。基本上，三萜是在甲羟戊酸途经分解的，并从非人工绿色植物和病菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊发了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探索毕业论文。该探索看见三萜类化学物质虫草酸（GA）是完成液态培植的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物体转为制造的。完成转录组和淀粉酶质组学水平应用进一点探寻无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT制造有两种野生野生灵芝酸（GA）的机理，并会按照多个学水平应用检侧到的区别表观遗传和区别淀粉酶，预测未来DHT 怪物体获得 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和功效分类别

能够对无柄灵芝粉病菌菌丝体来进行转录组测序共拥有67230个转录本和1429七个单人类染色体。在这部分单人类染色体中，495个被亲子鉴定为异同表现方法人类染色体（DEGs），表中213个表现方法调涨，279个表现方法上涨（图1A）。GO菌物丰度研究一下后，DEGs分类菌物的方式（BP）、组织组成成分（CC）和分子构造基本功能（MF）3类。在BP类目中，经常出现了前五个子类目：抗菌药降解细胞核产生率率的方式，冰醋酸盐细胞核产生率率的方式和甲酸盐细胞核产生率率的方式;而在CC类目中，组织外区、突触混合体、突触构造是前五个亚类。谈谈MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性、硫化展现酶渗透性和酸氨（或酰胺）相连酶渗透性是前五个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究一下中，前30条菌物丰度度最低的通道中含27条是细胞核产生率率，表中甲烷气体细胞核产生率率、乙醛酸盐和二羧酸盐细胞核产生率率、丙酸盐细胞核产生率率移动信号通道同质性菌物丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和工作的分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

确认对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体去球核苷酸组学阐述，共有选定了16,457种相互影响化的肽、2606种球核苷酸和2588种降钙素原检测球核苷酸。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求必备条件下，在这一2606种球核苷酸中，94种被鉴定费为相互影响表答爱球蛋清（DEPs），进来52种上浮，42种再降（图2A），图2C展现了相互影响表答爱球蛋清的聚类定性剖析法阐述热图。从GO阐述来说，BP品目展现，多半数DEPs参予冰醋酸盐排泄全的具体步骤、四环素可降解排泄全的具体步骤和肿瘤药物可降解排泄全的具体步骤。CC类DEPs在生殖受损内部外区、过防金属腐蚀物酶体和微体中比率更高，防腐蚀恢复备份酶动物酶和甲酸脱氢酶（NAD）动物酶在MF类中DEPs的比率更高（图2B）。与转录组結果似的，KEGG环路阐述展现，大量DEPs在排泄中丰度，进来3条最丰度的方式是光合动物中的碳紧固、碳排泄和MAPK电磁波环路（图2D）。除外，确认阐述GO资料库的CC对DEPs去亚生殖受损内部追踪定位阐述和参考文献标注（图2E），DEPs重点布置在生殖受损内部质（40.66%）、生殖受损内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基础理论上是GAs动物获得的重点地理位置。

图2|淀粉酶质组的参考值进行分析和实用功能认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转变和差表组侯选人DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个不同之处表现染色体（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组共设的DEGs/DEPs参与聚类研究剖析法研究剖析，发现了mRNA和血清质两者期间有17个上涨染色体和7个再降染色体，DEGs与他翻译专业的DEPs表现水平面呈正相应，来源于Pearson的相应比率研究剖析，在转录组和血清质组两者期间监测到相对而言较高的相应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查然而信息显示，E组和C组18个DEGs的表达出来出总体水平性别差异偏态，中仅9个为上涨DEGs，两个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达出来出发展趋势与转录类物质析然而一样。

图3|血清质组的降钙素原检测定性分析和用途证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）